O patrimônio documental de uma instituição, quando preservado, registra as memórias institucional e coletiva. O acervo arquivístico do Museu de Arte Sacra de São Paulo é composto por documentos que datam do século XVII aos dias atuais, doados, adquiridos, incorporados e gerados pela atividade da instituição.

O arquivo administrativo do museu tem 2.306 metros lineares. São documentos administrativos, pareceres e laudos técnicos, cartas, ofícios, atas, livros de tombo, Estatutos e regimento, materiais gráficos de divulgação das atividades do museu, processos de doação de obras de arte, entre outros.

Já o arquivo de interesse museológico tem 3.608 metros lineares, em que constam diversos tipos de documentos, alguns com valor histórico inestimável, como manuscritos dos séculos XVII e XVIII.